Središnji registar je odgovoran za prijem, slanje, evidenciju, postupanje, pohranu i uništavanje klasificiranih podataka u razmjeni s drugim državama i međunarodnim organizacijama.
 
Središnji registar koordinira radne procese u sastavnicama Sustava registara RH, kontrolira postupanje s međunarodnim klasificiranim podacima i educira djelatnike sastavnica te sudjeluje u izradi nacionalnih propisa i daje upute vezano za postupanje s međunarodnim klasificiranim podacima.